Eckhard Kruse studierte Informatik in Braunschweig und absolvierte 1993/94 ein Auslandsstudium in Pisa, Italien. Nach seinem Studienabschluss 1995 promovierte er 1998 zum Doktor-Ingenieur im Bereich Robotik und Bildverarbeitung.
Seit 2000 lebt er in Heidelberg, wo er zunächst acht Jahre in der industriellen IT-Forschung als Projekt- und Gruppenleiter tätig war. Seit 2008 ist er Professor für Angewandte Informatik an der Dualen Hochschule Baden-Württemberg Mannheim.